Городу снова нужны храбрые герои, чтобы избавиться от зла. Нью-Йорк оказался в лапах тьмы, олицетворенной злобным Кланом Футов и Шреддером. У них есть все, чтобы реализовывать свои коварные планы, они контролируют и полицейских, и политиков. Будущее города видится довольно мрачным, по крайней мере, до тех пор, пока в дело не вмешались наши старые знакомые из канализации. Четверка самоотверженных братьев вновь берется за дело! Черепашки-ниндзя вместе с бесстрашным журналистом Эйприл и оператором Фенвиком выходят на тропу войны с силами зла и готовы разрушить жестокий план Шреддера.